С 1992 года академия имеет собственную клинику, которая входит в единый учебно-научно-производственный комплекс медицинской академии. Клиника представлена амбулаторно-поликлинической службой мощностью на 1000 посещений в смену; диагностическими подразделениями, многопрофильным стационаром на 550 коек и 11 специализированными центрами: перинатальным, планирования семьи, липидным, ВИЧ-СПИДа, диабетической стопы; иммуно-аллергологическим, дисбактериозов, гепатитным, вирусологическим, бруцеллезным и центром лимфаденопатий, руководителями которых являются заведующие кафедрами, профессора и доценты ЧелГМА. Клиника ЧелГМА является экспериментальной базой по реформированию первичной медико-социальной помощи и развитию общей врачебной практики и семейной медицины, а также базой для внедрения новых технологий диагностики, лечения, реабилитации и профилактики инфекционных и неинфекционных заболеваний.
Кроме того, на основе договоров с лечебными учреждениями академия располагает мощной клинической базой (24 многопрофильных больницы). Самая крупная из них — областная клиническая больница на 1150 коек с областным диагностическим центром. Академия тесно сотрудничает с такими учреждениями как Дорожная клиническая больница ЮУЖД, областная психоневрологическая больница, областной онкологический диспансер, городские клинические больницы № 1,8,9,10,11, областной и городской кожно-венерологические диспансеры, областной противотуберкулезный диспансер, противотуберкулезный диспансер ЮУЖД, областная детская клиническая больница, городские детские больницы № 4 и 8, детская больница ЮУЖД. Общий коечный фонд базовых больниц, используемый кафедрами для учебного процесса и лечебной работы, составляет 7530 коек. В составе лечебных учреждений имеются специализированные центры (43), специализированные отделения (161) и поликлиники (всего на 12255 посещений в смену). На клинических базах областных и городских больниц по инициативе заведующих кафедрами организованы и функционируют 28 центров. Наиболее крупными и известными за пределами области являются такие, как кардиохирургический и ангиохирургический в ОКБ, областной центр хирургической эндокринологии в ГКБ № 1, детской хирургии в ОКБ, Центр «Сердечно-сосудистые заболевания и беременность» в ГКБ № б, детской онкологии в ОДБ, нормо- гипер- и гипобарической оксигенации в ОКБ и др.
В 1991 году на базе медицинской академии был создан региональный Российский центр программы ВОЗ СINDI (интегрированной профилактики неинфекционных заболеваний).
