В 1998 году в академии был открыт филиал стоматологического факультета Уральской Государственной медицинской академии. Стоматологический факультет Южно-Уральского государственного медицинского университета получил «путевку в жизнь» в 2000 году приказом МЗ РФ в связи с острым дефицитом стоматологических кадров в Челябинской области. В 2001 году организована кафедра стоматологии, а с 2004 году из кафедры стоматологии в результате переорганизации были образованы выпускающие (профильные) кафедры терапевтической, хирургической и ортопедической стоматологии.
Начиная с 2005 года, состоялось 10 выпусков врачей-стоматологов.
Факультет проводит подготовку специалистов по специальности 060105.65 «Стоматология», форма обучения студентов – очная, обучение осуществляется в соответствии с нормативным сроком освоения специальности в течении 5 лет. Начиная с 2008-2009 учебного года, проведен набор студентов на очно-заочную (вечернюю) форму обучения, со сроком освоения специальности 6 лет. Выпускникам присваивается квалификация «Врач-стоматолог». На сегодняшний день контрольные цифры приема на первый курс стоматологического факультета составляют 15 бюджетных мест и 85 на контрактной основе (из них – 25 на вечернюю форму обучения). Конкурс на факультет составлял в разные годы от 3,7 до 4,4 человек на место.
Основная миссия преподавательского состава стоматологического факультета - додипломная подготовка врачей-стоматологов с установленным стандартом уровнем профессиональной компетентности. Помимо этого, на базе выпускающих кафедр факультета ведется большой спектр последипломной подготовки как для врачей - интернов – стоматологов, клинических ординаторов, так и для врачей - стоматологов различного профиля. Выпускник любого медицинского факультета получает право на самостоятельную работу только после получения сертификата специалиста. Такой сертификат выпускники факультета получают после прохождения годичной интернатуры, которая представлена специальностью «Стоматология общей практики». Помимо интернатуры медицинская академия проводит обучение в клинической ординатуре (резидентуре) по основным направлениям стоматологии - «Терапевтическая стоматология», «Хирургическая стоматология», «Ортопедическая стоматология». Врачи-стоматологи на базе стоматологического факультета проходят обучение на сертификационных циклах (144 часа) и циклах профессиональной переподготовки (514-576 часов) по специальностям «Терапевтическая стоматология», «Хирургическая стоматология», «Ортопедическая стоматология».
Для врачей – стоматологов на кафедре терапевтической стоматологии проводятся циклы тематического усовершенствования по наиболее актуальным вопросам современной стоматологии, в частности, «Реставрация зубов современные пломбировочными материалами», «Отбеливание зубов и профессиональная гигиена полости рта».
Кадровый вопрос является важнейшей составной частью системы стоматологической помощи населению, и от подготовки специалистов зависит доступность и качество охраны здоровья. На протяжении многовековой истории развития зубоврачевания и стоматологии подготовка персонала, работающего в этой отрасли медицины, постоянно совершенствовалась. Очень важно, чтобы начавшийся в 2006 году процесс модернизации системы подготовки стоматологического персонала осуществлялся на основе научных подходов и с учетом международной практики. Основой для организации подготовки врачей-стоматологов является Государственный образовательный стандарт. В настоящее время ведется разработка стандарта третьего поколения, в котором будут учтены требования Болонского процесса и адаптация к ним отечественной методологии обучения с учетом лучших традиций российской школы стоматологии. Также в будущем стандарте появятся положения, изложенные в документе «Профиль и компетентности современного европейского стоматолога», утвержденном Генеральной Ассамблеей Европейской ассоциации стоматологического образования (ADEE) в 2004 году. Но в то же время, сохранятся главные принципы, заложенные в основу высшей медицинской школы России, будут учтены наши достижения и реалии. Основное отличие нашей системы высшего стоматологического образования – подготовка, прежде всего, врача-стоматолога, а не дантиста, как это имеет место быть в некоторых странах Европы, где студенты до 80% учебного времени занимаются специальными дисциплинами. Обучение будущих врачей-стоматологов проводится на качественно ином уровне (глубокое изучение фундаментальных наук, широкий объем знаний по медицинским дисциплинам), что позволяет выпускнику стоматологического факультета овладеть знаниями по всей патологии, возникающей в полости рта и челюстно-лицевой области.
В соответствии с ГОС преподавание специальности «Стоматология» осуществляется на 39 кафедрах, объединенных в блоки по циклам дисциплин. В настоящее время на факультете подготовка по специальности осуществляется на 3-х выпускающих кафедрах: терапевтической, хирургической, ортопедической стоматологии с включением разделов профилактики и эпидемиологии стоматологических заболеваний, пропедевтики стоматологических заболеваний, стоматологии детского возраста.
На факультете сложился сплоченный, инициативный коллектив. Все преподаватели выпускающих кафедр регулярно проходят курсы усовершенствования на центральных базах и на выездных циклах. Заведующие кафедрами, доценты, заведующие учебной частью кафедр повышают свою педагогическую квалификацию на соответствующих педагогических циклах.
Выпускающие кафедры: кафедра терапевтической и детской стоматологии; кафедра хирургической стоматологии и челюстно-лицевой хирургии; кафедра ортопедической стоматологии и ортодонтии.
Заведующий кафедрой терапевтической и детской стоматологии – кандидат медицинских наук, доцент кафедры Иван Александрович Бутюгин. 
Им опубликовано более 40 научных работ, монография, 3 учебных пособия, получено 2 патента на изобретение. На кафедре работают 5 доцентов, кандидата медицинских наук. И.А. Бутюгин с 2008 года является президентом Челябинской областной общественной организации «Ассоциация стоматологов».
Кафедру хирургической стоматологии и челюстно-лицевой хирургии с 2007 года возглавляет доктор медицинских наук, доцент Лариса Сергеевна Латюшина. 
С 2002 г. Латюшиной Л.С. опубликовано более 60 научных работ, в том числе получено 4 патента РФ на изобретение. На кафедре работают 2 доктора медицинских наук, 6 кандидатов медицинских наук, в том числе 3 доцента.
С 2006 кафедру ортопедической стоматологии и ортодонтии возглавляет доктор медицинских наук, профессор Ольга Ивановна Филимонова. 
Она является автором более 70 печатных работ, под её руководством защищены 3 кандидатские диссертации и в настоящее время выполняется 3 кандидатских и 1 докторское диссертационных исследований. На кафедре работают заведующий кафедрой (д.м.н., профессор), доцент кафедры (к.м.н.), 13 ассистентов (2 кандидата медицинских наук).
С момента организации факультета на всех профильных кафедрах ведется научная работа и подготовка кадров в соответствии с планом НИР академии, с учетом наиболее актуальных вопросов медицинской науки, а также практического здравоохранения. Сотрудниками выпускающих кафедр стоматологического факультета защищены 2 докторские, 9 кандидатских научных работ, выполняются 3 докторских и 5 кандидатских диссертаций в порядке соискательства, 5 кандидатских работы по плану аспирантуры по специальности «Стоматология». За последние 5 лет преподавателями стоматологических кафедр опубликовано более 100 печатных работ, получены патенты на изобретения, свидетельства на интеллектуальный продукт, приоритетные справки на изобретение, авторские свидетельства (14). Научная работа поддержана 2 Грантами Правительства Челябинской области (2003г., 2005г.), издано монографий – 2, учебных пособий - 10, в том числе с грифом «Министерства Здравоохранения РФ» - 4.
Согласованная работа с Минздравом Челябинской области (главный внештатный стоматолог МЗ Челябинской области Сандаков И.П.), администрации ГБОУ ВПО ЮУГМУ Минздрава России, деканата стоматологического факультета, органов управления стоматологической службой области и города положительно отражается на качестве обучения студентов, последипломной подготовке специалистов стоматологического профиля, проведении научных исследований.
Сотрудники профильных кафедр ежегодно принимают участие в организации и проведении научно-практических конференций, международных симпозиумов и конгрессов.
Специалисты факультета принимают активное участие в работе Челябинской областной общественной организации «Ассоциация стоматологов»: председатель Челябинской ассоциации стоматологов – заведующий кафедрой терапевтической стоматологии, к.м.н., доцент Бутюгин И.А. 
Профессор Филимонова О.И. является членом президиума Общероссийской ассоциации стоматологов, заведующая кафедрой хирургической стоматологии и челюстно-лицевой хирургии, д.м.н., доцент Латюшина Л.С. являются членами правления ассоциации. Ведущие специалисты выпускающих кафедр осуществляют клиническую, консультативную и экспертную работу, участвуют в клинико-экспертных комиссиях базовых учреждений, в консилиумах. Заведующие выпускающих кафедр являются членами аттестационных и сертификационных комиссий.
Стоматологический факультет ГБОУ ВПО ЮУГМУ Минздрава России, не смотря на свою молодость, имеет ряд преимуществ перед одноименными факультетами, которые были организованы ранее. Одно из них заключается в том, что факультет имеет в арсенале собственную стоматологическую клинику, где ведется стоматологический прием по всем направлениям. Эта клиника является основной учебной базой. 
Однако, прежде чем начать работу с пациентами, студенты-стоматологи на протяжении минимум полутора лет отрабатывают практические умения на стоматологических фантомах, «шлифуют» свои мануальные навыки. В 2009 году начал свою работу новый фантомный класс на 12 рабочих мест. И только после «серии» зачетов и экзаменов начинают прем пациентов, строго в присутствии и под контролем опытных преподавателей, что исключает дефекты в работе, нарушения технологий, минимизирует возможные осложнения. Помимо этого, практически все стоматологические поликлиники города и ряд частных клиник предоставляют нам свои площади для занятий со студентами, понимая важность подготовки будущих кадров.
Помимо обязательной учебной программы на факультете проводятся элективные циклы (курсы по выбору), которые организованы с целью знакомства студентов с новейшими технологиями в стоматологии. Они также входят в обязательную программу, но каждый студент выбирает курс по своим интересам. На каждой выпускающей кафедре разработано по четыре элективных цикла (всего 12), нацеленных на инновационные технологии.
Воспитательная деятельность на стоматологическом факультете Челябинской государственной медицинской академии проводится в соответствии с планом воспитательной работы на каждый учебный год, разрабатываемом Советом факультета и утверждаемом ректором академии.
В студенческие группы первого курса по представлению декана факультета и по согласованию с проректором по воспитательной работе назначаются кураторы. Погружение в воспитательную среду начинается с изучения курса «Введение в специальность», в ходе которого студенты знакомятся с историей академии, встречаются с представителями деканата, заведующими ведущих кафедр, знакомятся с историей музея академии.
Систематически проводятся встречи декана со студентами факультета. На этих встречах декан информируют студентов о задачах, решаемых факультетом и отвечает на вопросы студентов.
С 2003-2004 учебного года отличники учебы награждаются именными стипендиями - Стипендия Ученого Совета, Стипендия им. П.М. Тарасова, стипендия губернатора Челябинской области, администрации г. Челябинска.
На факультете есть свои традиции – это, прежде всего, ежегодный праздник «Посвящение в стоматологи». 
Во время этого праздника, пятикурсники «открывают двери» в специальность студентам второго курса. Только самые умные и целеустремленные, прошедшие через испытание в виде различных «стоматологических» конкурсов, «посвящаются» и приобщаются к профессиональному сообществу.
Студенты факультета занимаются в секциях легкой атлетики, волейбола, баскетбола, настольного тенниса, на деле демонстрируя преимущества здорового образа жизни.
Воспитательная работа на факультете предполагает сотворчество и содружество преподавателей и студентов, что реально воплощается на всех этапах подготовки специалиста с высшим медицинском образованием. Самореализация личности студента и ее социализация наглядно подтверждаются работой студенческих научных кружков кафедр терапевтической, хирургической и ортопедической стоматологии. Научные работы студентов стоматологического факультета достойно представлены на внутривузовских, межвузовских и всероссийских конференциях и олимпиадах.
С 2003 года ежегодно в рамках Итоговой научной студенческой конференции работает стоматологическая секция, где заслушиваются доклады на актуальные темы современной стоматологии, студенты-стоматологи участвую в ежегодном конкурсе на лучшую научную студенческую работу в разделе клинических дисциплин. В течении последних 2 лет студенты 4-5 курсов выступают на международной олимпиаде по ортопедической стоматологии (МГМСУ, г. Москва), в 2005 году студенты принимали участие с докладом на Всероссийском студенческом конгрессе с международным участием (г. Санкт-Петербург) (Альмаутова Л.Р.), в январе 2006 года студентка 5 курса Маханькова Т.О. принимала участие во 2-й общероссийской студенческой Олимпиаде по стоматологии (МГМСУ, Москва), а в декабре 2008 году студенты 5 курса Кривошеина И.Г. и Бейнарович С.В. активно соревновались на 3-й общероссийской студенческой Олимпиаде по стоматологии (МГМСУ, Москва). В течении каждого учебного года в СНО профильных кафедр стоматологического факультета занимаются в среднем 34 студента, в год на каждой кафедр проводится не менее 8 заседаний научного кружка, студентами сделано 45 докладов в академии и 3 вне ЮУГМУ, студентами-стоматологами опубликовано 48 печатных работ.